A VPOP3 2.2-es verziója óta tartalmaz egy hatékony beépített spam szűrőt. Ennek használatával lényegesen csökkenthetőek a kéretlen reklám levelek.

Működés alapja, hogy a program által levélszemétnek minősített e-maileket karanténba helyezi és nem kézbesíti a felhasználóknak. A karanténban az e-maileket 30 napig (állítható) tárolja, utána automatikusan törli. Minden nap végén jelentést küld a felhasználóknak az aznapi spamekről, így az esetlegesen tévesen kiszűrt e-mailekhez a felhasználók hozzáférhetnek.

Miután a spamek is folyamatosan változnak, ezért szükséges az azonosító szabályok változtatása. Ez manuálisan is végezhető, de a 2.4-es verziótól a szűrő szabályok automatikus frissítésére is van lehetőség, előfizetéses rendszerben.